La declaración dice que su Ejército atacó a un grupo de cuatro autos de doble tracción al confundirlos con elementos que describe como terroristas en la región de Wahat, en el Desierto Occidental egipcio, cerca de la frontera con Libia.
El presidente mexicano, Enrique Peña Nieto, se manifestó sobre lo ocurrido en su cuenta de Twitter.
"En un trágico incidente en Egipto, turistas mexicanos fueron atacados. Lamento profundamente que connacionales hayan perdido la vida", dice uno de los tuits.
La secretaria de Relaciones Exteriores de México, Claudia Ruiz Massieu, confimó la muerte de los dos turistas mexicanos y explicó que otros seis mexicanos están heridos y fueron ingresados en un hospital.
Fuentes de seguridad dijeron a la BBC en El Cairo que los mexicanos muertos son ocho, una cifra que están manejando algunos medios de comunicación.
La canciller mexicana dijo que se está llevando a cabo la identificación de los muertos.
El número total de heridos en el ataque es 10.
El ataque se produjo desde un avión y un helicóptero, que lanzaron bombas hacia el lugar donde estaban los turistas, quienes se habían detenido a descansar en un oasis.
El gobierno egipcio afirma que las fuerzas estatales estaban en la zona desarrollando una operación de seguridad, que se encuentra en alerta debido al incremento de actividad insurgente.
Lea: La peligrosa zona donde el ejército egipcio mató a turistas mexicanos
"Una fuerza conjunta de la policía y el ejército que perseguía elementos terroristas en la zona de oasis del Desierto Occidental esta noche, accidentalmente se encontró con cuatro vehículos que pertenecían al grupo de turistas mexicanos", dice el comunicado.
La declaración afirma que los autos habían entrado en una zona restringida y que después de abrir fuego, descubrieron que los vehículos eran de civiles y turistas.
Egipto aseguró en el comunicado que fue conformado un equipo para investigar lo sucedido y las razones de los turistas para estar en una zona que considera restringida.
El embajador mexicano en Egipto habló con seis turistas ingresados en el hospital y en situación estable, que dijeron que fueron atacados por aviones y helicópteros tras haber hecho una pausa para comer.
Reacción de México
Peña Nieto, en otro tuit, pidió el esclarecimiento de lo sucedido el domingo.
"México condena estos hechos en contra de nuestros ciudadanos y ha exigido al gobierno de Egipto una exhaustiva investigación de lo ocurrido".
La Secretaría de Relaciones Exteriores (SRE) indicó en un comunicado que no se ha logrado establecer el número de mexicanos que se encontraban en el grupo.
La secretaria Claudia Ruiz Massieu demandó al embajador de Egipto en México "una investigación a fondo y explicación de los hechos".